Online wordt heel belangrijk in de 2012 editie van Pro Evolution Soccer. Dat komt tot uiting in de Master League Online waarin jij jouw favoriete club naar de overwinning kan helpen. De stijl van het team kan daarbij worden aangepast en je kan (en soms moet) met behulp van contracten spelers aan- en verkopen.
Naast dat de Master League Online een stuk lastiger wordt door de contracten, heeft Konami ook aan het wedstrijdschema gewerkt waardoor daar meer continuïteit in zit. De wedstrijden kunnen nu tussen maximaal 8 personen plaatsvinden, maar er is ook een community modus. Hierin kunnen groepen van maximaal 100 spelers ontstaan die berichten aan elkaar kunnen versturen.
Opvallend is dat Konami er ook voor heeft gekozen om Facebook in MyPES te integreren. Hierdoor kunnen spelers vrienden in hun community uitnodigen en scores online delen. In oktober zal Konami hier ook de mogelijkheden om vrienden voor competities uit te nodigen, statistieken te tonen en ranglijsten bij te werken toevoegen.
Tot slot heeft Konami aangekondigd dat Playstation 3 gebruikers met een 3D TV van een update worden voorzien waardoor ze in 3D kunnen spelen.